Ohjausryhmä vastaa yliopistokeskuksen strategisesta johtamisesta ja tavoitteiden asettamisesta sekä päättää keskuksen toimintaperiaatteista. Ohjausryhmä kokoontuu vuosittain kaksi kertaa. Ohjausryhmään kuuluvat emoyliopistojen rehtorit ja Mikkelin kaupunginjohtaja.

• Rehtori Thomas Wilhelmsson,  Helsingin yliopiston, puheenjohtaja
• Vararehtori Hannu Seristö, Aalto-yliopisto
• Vararehtori Hannu Rantanen, Lappeenrannan teknillinen yliopisto
• Rehtori Perttu Vartiainen, Itä-Suomen yliopisto
• Kaupunginjohtaja Kimmo Mikander, Mikkelin kaupunki
• Sihteerinä toimii yliopistokeskuksen pääsihteeri Matti Malinen