Mikkelin yliopistokeskuksen johtoryhmä vastaa yliopistokeskuksen operatiivisesta johtamisesta. Mikkelin yliopistokeskuksen johtoryhmän puheenjohtajuus on kiertävä. Vuonna 2011 puheenjohtajana toimii Mikkelin kaupunginjohtaja Kimmo Mikander.  Johtoryhmän jäseniä ovat paikallisten yksiköiden johtajat ja Mikkelin kaupunginjohtaja. Johtoryhmän jäsenet ovat:

• Kaupunginjohtaja Kimmo Mikander, Mikkelin kaupunki, puheenjohtaja
•  Johtaja Joan Lofgren, Aalto-yliopiston kauppakorkeakoulu, International Business -kandidaattiohjelma
• Professori Mika Sillanpää, Lappeenrannan teknillinen yliopisto, LUT Savo
• Johtaja Pentti Mustalampi, Aalto-yliopiston kauppakorkeakoulun Pienyrityskeskus
• Johtaja Pirjo Siiskonen, Helsingin yliopiston Ruralia-instituutti
• Johtaja Majlis Bremer-Laamanen, Kansalliskirjaston Mikrokuvaus- ja konservointilaitos, varapuheenjohtaja
• Pääsihteeri Matti Malinen, Mikkelin yliopistokeskus, sihteeri