Mikkelin yliopistokeskuksen yhteistyöstä vastaavat ohjausryhmä, johtoryhmä ja pääsihteeri. Yhteistyötä koordinoivat yliopistokeskuksen pääsihteeri ja koordinaatioyksikkö. Yliopistokeskuksen koordinaatio rahoitetaan opetusministeriön myöntämällä määrärahalla. Mikkelin yliopistokeskuksen johtamisesta ja kehittämisestä vastaavat ohjausryhmä ja johtoryhmä.