Helsingin yliopiston, Helsingin kauppakorkeakoulun, Lappeenrannan teknillisen yliopiston ja Kuopion yliopiston rehtorit sekä Mikkelin kaupunginjohtaja allekirjoittivat 9.2.2004 Mikkelin yliopistokeskusta koskevan yhteistyösopimuksen. Sopimuksella vahvistettiin yliopistokeskuksen tavoitteet ja tehtävät, mukana olevat yksiköt, yliopistokeskuksen suhde emoyliopistoihin, yliopistokeskuksen hallinnointi ja voimavarat sekä yhteistyön päätöksentekomenettelyt. 17.4.2008 Mikkelin yliopistokeskuksen ohjausryhmä hyväksyi Mikkelin yliopistokeskuksen strategian 2008 – 2013.

Yliopistokeskuksen toimintayksiköt ovat emoyliopistojensa alaisia ja itsenäisiä suhteessa Mikkelin yliopistokeskukseen. Kukin yliopisto päättää Mikkelissä toimivan yksikkönsä hallinnosta ja suhteesta emoyliopistoon.

Mikkelin yliopistokeskuksen koordinaatioyksikkö

Koordinaatioyksikkö on yliopistokeskuksen yhteinen palveluyksikkö, joka kuuluu hallinnollisesti Helsingin yliopiston keskushallintoon. Toiminnallisesti yksikkö työskentelee Mikkelin yliopistokeskuksen johtoryhmän alaisuudessa. Koordinaatioyksikön päätavoitteena on edistää yliopistojen ja niiden paikallisten yksiköiden toimintaedellytyksiä ja vuorovaikutusta alueella. Yliopistokeskukseen perustetussa koordinaatioyksikössä työskentelevät pääsihteeri Matti Malinen, viestintäsuunnittelija Sirpa Taskinen ja suunnittelija Ulla Jurvanen.